PERAN BIOINFORMATIKA DALAM BUDIDAYA PERIKANAN

PERAN BIOINFORMATIKA DALAM BUDIDAYA PERIKANAN

Oleh : Lukman Anugrah Agung

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan molekuler (genetik). Pendekatan secara molekuler intinya ialah menelurusi, memanipulasi, atau menelurusi dan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa mealui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.

Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid

                Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.

ANOTASI GENOM

                Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame.

TRANSKRIPTOMIKA

                Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis.

PROTEOMIKA

                Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandingnya.

                Pendekatan molekuler dengan bioinformatik telah dilakukan di bidang perikanan meliputi Anotasi genom, traskriptomika dan poteomika. Pada anotasi genom program bioinformatika yang digunakan adalah program BLAST, pada transkriptomika adalah pembuatan chip microarray, sedangkan pada program proteomika dalah menganalisa asam amino penyandi gen dengan menggunakan program BLASTN.