Tugas Biologi perikanan

Faktor Density independent  dalam keterkaitan dengan pola rekrutmen dalam Biologi Perikanan

            Dencity dalam bahasa Indonesia berarti kepadatan. Kepadatan merupakan banyak / jumlah populasi yang ada dalam satu ruang. Kepadatan sangat penting pengaruhnnya dalam hal budidaya perikanan, karena akan sangat mempengaruhi kandungan oksigen di perairan, persaingan mendapatkan pakan, ataupun persaingan dalam mendapatkan pasangan untuk berkembang biak.

            Kepadatan suatu populasi biasanya di pengaruhi oleh beberapa Faktor yang bersifat geofisik – kimiawi , antara lain :

-  Bencana alam

-  Lingkungan yang tercemar

-  Kondisi lingkungan yang krisis atau ekstrim

-  pengaruh tak langsung dari suatu faktor lingkungan (misalnya kelembaban dapat memacu pertumbuhan jamur pathogen yang dapat mengganggu populasi serangga).

Rekrutmen merupakan penambahan stok individu dalam suatu populasi. Jika di rekrutmen di hubungkan dengan dencity independent factor, maka dencity independent factor sangat mempengaruhi proses rekrutmen dalam suatu perairan. Dimana kita tahu bahwa Density independent merupakan faktor perubahan lingkungan yang berpengaruh terhadap seluruh anggota populasi. Sebagai contoh :

Ø  Suhu perairan yang tidak stabil akan mempengaruhi  distribusi dan reproduksi ikan.

Ø  Rantai makanan yang berubah akan membuat struktur populasi di alam berubah.

Ø  Hujan deras akan membuat perairan semakin asam, dan akan berpengaruh terhadap ikan – ikan yang peka terhadap perubahan pH.

Ø  Kekeringan akan berakibat kadar salinitas di perairan meningkat, karena suhu panas akan mempercepat evaporasi, ini bisa berakibat ikan menjadi stres.

Ø   Perubahan iklim yang ekstrem membuat pertumbuhan ikan menjadi stagnan.

Sumber            :

Amarullah, Muhammad Husni. 2008. HIDRO-BIOLOGI LARVA IKAN DALAM PROSES REKRUTMEN. J. Hidrosfir Indonesia Vol.3 No.2 Hal. 75 - 80 Jakarta, Agustus 2008 ISSN 1907-1043. Peneliti Ekologi Reproduksi Ikan. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi

Effendie Ichsan. 1997. Biologi Perikanan. Yayasan Pustaka Nusantara. Yogyakarta.

Resume pola Natalitas Ikan Tenggiri Papan ( Scomberomorus guttatus )

 Pola Natalitas Ikan Tenggiri Papan ( Scomberomorus guttatus )

Diambil dari jurnal yang berjudul “ Kajian sumberdaya dan usaha penangkapan ikan tenggiri papan di Indonesia  “ , karya Zahroman dan Sri Mulyani.

Sumber : isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/2312165062_0854-6843.pdf

            Ikan tenggiri papan, scomberomorus guttatus, adalah ikan permukaan ( epipelagic ), cenderung bermigrasi lokal atau habitatnya relatif menetap ( sedentary ) di sekitar pantai. Ikan Tenggiri Papan adalah ikan yang bermigrasi terbatas, tidak seperti ikan tenggiri lainnya. Berdasarkan pergerakan siklus kehidupan kelompok ikan Tenggiri ( Spanish mackerel ) , dari genera Scomberomorus,  anak ikan tenggiri selama masa junevil atau post larva berukuran 2 – 10 cm hidup di perairan dekat pantai termasuk di muara sungai. Anak ikan yang lebih besar berukuran 30 – 40 cm mulai bergerak ke tengah antara 6 – 12 meter. setelah ikan mengalami kematangan telur atau menginjak dewasa, mereka hidup mandiri ( tidak bergerombol ) , dan hidup di perairan yang  mencapai kedalaman 60 – 70 meter.

            Pemijahan ikan Tenggiri Papan  terjadi di sekitar perairan pantai yang agak ke tengah dan biasanya mencapai daerah spawning yang agak terlindung seperti di perairan karang. Telur atau pre larva terbawa arus ke dekat garis pantai atau di sekitar muara sungai. Seluruh siklus hidup ikan Tenggiri papan ini berada pada perairan pantai ( coastal water ).

            Di perairan sekitar Pulau Rameswaram antara India dan Srilanka terjadi pemijahan Scomberomorus guttatus pada bulan April – Juli. Pada bulan Mei di perairan Thailand diketemukan banyak ikan betina yang sudah matang telur pada ukuran panjang standart ( forked length ) 32,5 – 46,5 cm.   

perikanan

PERAN BIOINFORMATIKA DALAM BUDIDAYA PERIKANAN

Oleh : Lukman Anugrah Agung

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan molekuler (genetik). Pendekatan secara molekuler intinya ialah menelurusi, memanipulasi, atau menelurusi dan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa mealui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.

Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid

                Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.

ANOTASI GENOM

                Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame.

TRANSKRIPTOMIKA

                Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis.

PROTEOMIKA

                Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandingnya.

                Pendekatan molekuler dengan bioinformatik telah dilakukan di bidang perikanan meliputi Anotasi genom, traskriptomika dan poteomika. Pada anotasi genom program bioinformatika yang digunakan adalah program BLAST, pada transkriptomika adalah pembuatan chip microarray, sedangkan pada program proteomika dalah menganalisa asam amino penyandi gen dengan menggunakan program BLASTN.

PERAN BIOINFORMATIKA DALAM BUDIDAYA PERIKANAN

PERAN BIOINFORMATIKA DALAM BUDIDAYA PERIKANAN

Oleh : Lukman Anugrah Agung

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan molekuler (genetik). Pendekatan secara molekuler intinya ialah menelurusi, memanipulasi, atau menelurusi dan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa mealui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.

Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid

                Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.

ANOTASI GENOM

                Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame.

TRANSKRIPTOMIKA

                Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis.

PROTEOMIKA

                Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandingnya.

                Pendekatan molekuler dengan bioinformatik telah dilakukan di bidang perikanan meliputi Anotasi genom, traskriptomika dan poteomika. Pada anotasi genom program bioinformatika yang digunakan adalah program BLAST, pada transkriptomika adalah pembuatan chip microarray, sedangkan pada program proteomika dalah menganalisa asam amino penyandi gen dengan menggunakan program BLASTN.